贵州地方黄牛GH基因多态性及生物信息学分析

• 作者: 卢贤君 吴雨 宋汝谋 杨忠诚 陈伟 陈祥 黄明捷
• 来源期刊: 中国畜牧杂志
• 学科: 农学
• 关键词: 贵州 黄牛 GH基因 生物信息学 多态性
• 年，卷（期）: 2019,（8）
• 所属期刊栏目: 遗传育种
• 页码范围: 41-46
• 页数: 6页
• 分类号: S823.2
• 字数: 4189字
• 语种: 中文
• DOI: 10.19556/j.0258-7033.20181217-01

摘要

为分析贵州地方黄牛GH基因多态性,筛选出对本地黄牛生长性状有显著影响的SNPs位点,本研究以贵州4个地方牛种(关岭牛、思南牛、威宁牛、黎平牛)为研究对象,采用直接测序法检测贵州地方黄牛GH基因多态性,利用生物信息学软件对贵州黄牛GH基因进行分析.结果显示:4个地方牛种中共发现2个SNPs,分别为Exon5-G1570C和Exon5-A1720C,Exon5-G1570C为错义突变,Exon5-A1720C为同义突变;其中黎平牛仅存在1个SNPs位点(Exon5-A1720C),其余3个品种均有2个SNPs位点;生物信息学分析表明,牛GH蛋白相对分子质量为27385.45,理论等电点为6.90,疏水值最大为3.133,亲水值最小为-2.767,属于跨膜蛋白,稳定性较高;突变前后GH基因mRNA二级结构发生改变,Exon5-G1570C位点mRNA自由能升高,稳定性降低;Exon5-A1720C位点mRNA自由能降低,稳定性升高.本实验成功筛选出贵州地方黄牛GH基因的多态位点,可为筛选贵州地方黄牛与生长相关的分子遗传标记奠定理论基础.