基于比较基因组学方法的丝状子囊菌同源序列分析

• 作者: Tom Hsiang 余知和 曾昭清
• 来源期刊: 菌物学报
• 关键词: 子囊菌 Standalone Blast E值 比较真菌基因组学 同源性
• 年，卷（期）: 2013,（z1）
• 页码范围: 236-243
• 语种: 中文

摘要

为探讨丝状子囊菌基因组的同源保守序列作为标记基因,利用Standalone BLASTN方法将构巢曲霉全基因组基因分别与30种丝状子囊菌基因组比较.构巢曲霉与每个丝状子囊菌基因组之间的同源匹配基因数量似乎可反映子囊菌之间的进化关系,构巢曲霉（10,560个基因）与15种散囊菌纲其他真菌间的匹配基因数量为5,179-7,747个,其中与另外7个同属的种匹配的基因数量为7,434-7,747个,而与亲缘关系较远的2种锤舌菌纲真菌灰葡萄孢和核盘菌的匹配基因数量分别仅有4,318个和4,242个.构巢曲霉的10,560个基因与20余种子囊菌基因组同时匹配的基因数为3,509个,占33.2％,构巢曲霉基因与30种子囊菌共同匹配的基因仅924个.此外,E值大小在10-30_0.1范围的同源序列变异性大,而在0-10-100范围的同源序列高度保守.随着基因组序列数据的增加,比较基因组方法将会在真菌系统学研究领域发挥更大的作用.

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	Tom Hsiang	Guelph大学环境科学学院	2	6	1.0	2.0
2	余知和	长江大学生命科学学院	37	292	10.0	16.0
3	曾昭清	中国科学院微生物研究所真菌学国家重点实验室	17	51	4.0	6.0