应用生物信息学筛选大肠癌转移相关小分子化合物

• 作者: 丁彦青 齐鲁
• 来源期刊: 西安交通大学学报（医学版）
• 关键词: 差异表达 大肠癌 转移 tanespimycin 生物信息学 基因 靶蛋白
• 年，卷（期）: 2013,（6）
• 所属期刊栏目: 临床研究
• 页码范围: 797-802
• 页数: 6页
• 分类号: R735.3+5
• 语种: 中文
• DOI: 10.7652/jdyxb201306020

摘要

目的 筛选并分析与大肠癌转移相关的小分子化合物.方法 首先通过大肠癌早期转移组织表达谱数据与正常大肠组织数据进行统计学比较,筛选出差异表达基因,再通过差异表达基因与小分子的对应模式筛选出与大肠癌早期转移相关的小分子化合物,最后通过分析小分子化合物的靶蛋白在大肠癌疾病类中的富集情况,筛选靶蛋白中与大肠癌相关的部分靶蛋白,结合大肠癌表达谱的表达情况以及小分子化合物与靶蛋白的结合情况筛选最相关的靶蛋白并进行网络调控情况分析.结果 通过小分子化合物的富集分析,tanespimycin得分最高,并且其靶蛋白在大肠癌疾病类中富集程度最高,说明tanespimycin与大肠癌关系密切;综合表达情况以及分子结合强度,明确与大肠癌相关的靶蛋白CHEK1、AURKA、GSTP1、NQO1可能为tanespimycin对大肠癌转移治疗作用中的关键蛋白,并且这4个靶蛋白构成的网络参与了与药物代谢相关的生物进程,进一步说明其与tanespimycin的关系.结论 tanespimycin可能是能够抑制大肠癌早期转移的小分子化合物,其主要通过与其相互作用的靶蛋白CHEK1、AURKA、GSTP1、NQO1调控大肠癌转移相关的信号网络.

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	丁彦青	南方医科大学基础医学院病理学系	186	944	14.0	19.0
5	齐鲁	南方医科大学基础医学院病理学系	11	28	4.0	5.0