体内与体外RNA-RNA相互作用的比较初探

• 作者: 应晓敏 李伍举 李宗城 查磊 陆启轩 陈临溪
• 来源期刊: 军事医学
• 学科: 生物学
• 关键词: RNA-RNA相互作用 生物信息学 RNA,小核仁 核糖体RNA
• 年，卷（期）: 2013,（7）
• 所属期刊栏目: 论著
• 页码范围: 517-520
• 页数: 4页
• 分类号: Q522
• 字数: 3548字
• 语种: 中文
• DOI: 10.7644/j.issn.1674-9960.2013.07.010

摘要

目的 通过比较in vitro与in vivo的RNA-RNA相互作用(RNA-RNA interaction,RRI),探究通过in vitro RRI推测in vivo RRI的可靠性.方法 采用perl语言编写脚本分析酵母转录组水平in vitro RNA的二级结构信息,得到可能的in vitro RRI,再与酵母的in vivo 小核仁RNA(snoRNA)-rRNA相互作用进行比较.结果 发现in vitro snoRNA-rRNA相互作用与in vivo snoRNA-rRNA相互作用的重叠率仅为23.42%(26/111);而in vitro测定的snoRNA双链片段与in vivo测定的参与RRI的snoRNA片段重叠率为38.78%(19/49);in vitro测定的rRNA双链片段与in vivo测定的参与RRI的rRNA片段重叠率为80.70%(46/57).结论 in vitro和in vivo条件下snoRNA-rRNA 的相互作用差异很大,提示in vitro条件下测定的snoRNA-rRNA 的相互作用不能真实反映它们在in vivo的相互作用.

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	李伍举	军事医学科学院基础医学研究所	19	164	5.0	12.0
2	陈临溪	南华大学药物药理研究所	67	432	12.0	18.0
3	应晓敏	军事医学科学院基础医学研究所	14	100	3.0	9.0
4	查磊	军事医学科学院基础医学研究所	5	13	2.0	3.0
5	陆启轩	南华大学药物药理研究所	3	2	1.0	1.0
9	李宗城	军事医学科学院基础医学研究所	1	2	1.0	1.0