一种适用于太平洋牡蛎高多态基因组单核苷酸突变验证的两步式高分辨率熔解曲线方法

• 作者: 张国范 李莉 王家丰 齐海刚
• 来源期刊: 西南农业学报
• 学科: 生物学
• 关键词: 长牡蛎(太平洋牡蛎) 单核苷酸突变 基因分裂方法 两步式高分辨率熔解曲线
• 年，卷（期）: 2013,（4）
• 所属期刊栏目: 畜牧·兽医·水产·蚕
• 页码范围: 1699-1704
• 页数: 6页
• 分类号: Q95.336
• 语种: 中文

摘要

长牡蛎(Crassostrea gigas)基因组具有高度的多态性.因此,导致传统的高分辨率熔解曲线(HRM)方法在长牡蛎基因组SNP分型验证中表现出很低的效率,并且传统HRM方法花费比较高.本文提出一种经过改良的适合高度多态性基因组SNP验证的HRM方法.这种two-step HRM方法在传统的HRM方法基础上进行了许多改进；利用这种改进的方法,使用一对引物即可准确完成一个特定SNP位点基因型的确定和区分,并且相应的花费较传统方法大大降低.本实验中共使用56组引物对长牡蛎SNP进行验证,有8组引物因为特异性较差在引物筛选中被排除.最终有30组引物成功验证SNP,成功率约为62.5 ％.超过63％的SNP位点为转换类型(C/T:30％,A/G:33.3％),只有大约36.7％的SNP位点为颠换类型(A/C:10％,G/T:10％,A/T:10％,C/G:6.7％).随即选取5组引物的扩增产物进行Sanger测序,通过序列对比后获得与该方法完全相同的分型结果,这也证明了本方法的准确性.以上数据表明本文提出的two-step HRM方法是一种可使用于高多态性牡蛎基因组的高效、经济并且有高通量潜力的SNP验证方法.

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	李莉	中国科学院海洋研究所	137	1599	22.0	35.0
2	张国范	中国科学院海洋研究所	123	2348	26.0	43.0
3	王家丰	中国科学院海洋研究所	1	2	1.0	1.0
7	齐海刚	中国科学院海洋研究所	1	2	1.0	1.0