烟草疫霉侵染前后剑麻叶片转录组学研究

• 作者: 刘巧莲 易克贤 杨峰 汪平 郑金龙 陈河龙 高建明
• 来源期刊: 热带作物学报
• 学科: 农学
• 关键词: 烟草疫霉 侵染 剑麻 转录组
• 年，卷（期）: 2014,（3）
• 所属期刊栏目: 作物病虫害及防治、环境保护
• 页码范围: 576-582
• 页数: 7页
• 分类号: S563.8
• 字数: 5366字
• 语种: 中文
• DOI: 10.3969/j.issn.1000-2561.2014.03.026

摘要

为克隆剑麻受斑马纹病病原菌烟草疫霉侵染后的应答基因,以病原菌侵染前后的剑麻H.11648叶片为材料,构建剑麻转录组Unigene数据库;组装得到非冗余Unigene 131 422个,其中,500～1 000 bp的Unigene 占总数65.39％,Unigene的数量随其长度递减.GO分类分析发现:在得到的所有Unigene中,注释到生物过程的基因最多(152 835);细胞组分其次(129 197);参与分子功能的最少(47 420).KEGG代谢通路分析将剑麻转录组unigene分成128类,其中,参与生化代谢通路的Unigene最多,有9 354个,占总数27.09％;参与植物-病原互作代谢通路的基因有1 795个,占总数5.2％.基因表达丰度RPKM值显示上调基因9415个.下调基因28 980个,其中参与病原互作的基因占680个.