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基于致病基因网络模块性预测风险致病基因
基于致病基因网络模块性预测风险致病基因
作者:
张松瑶
张绍武
邵冬冬
基本信息来源于合作网站,原文需代理用户跳转至来源网站获取
致病基因
随机游走
异构网络
k近邻
模块性
摘要:
相关疾病基因的发现和预测有助于认识疾病发生机理及该疾病的诊断与防治,是人类基因组研究的重要目标.临床表现重叠的疾病经常由同一功能模块中的一个或多个基因变异引起,且导致疾病表型相似的基因间经常发生直接或间接相互作用,也就是致病基因具有网络模块性.鉴于此,基于k近邻思想扩展异构网络游走RWRH算法中的初始游走概率向量,作者提出一种改进的异构网络随机游走KRWRH算法,在基因-表型异构网络中深层次挖掘潜在风险致病基因.KRWRH算法通过扩展种子集合构建起始概率向量,种子集合包含已知致病基因及其k近邻基因;然后在异构网络中随机游走,通过迭代形成稳态概率向量,从而获得候选致病基因.通过对孟德尔遗传在线数据库中的18种遗传疾病进行仿真验证,说明KRWRH算法可有效预测潜在风险致病基因.
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结直肠癌
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文献信息
篇名
基于致病基因网络模块性预测风险致病基因
来源期刊
生物物理学报
学科
生物学
关键词
致病基因
随机游走
异构网络
k近邻
模块性
年,卷(期)
2014,(3)
所属期刊栏目
研究论文
研究方向
页码范围
227-237
页数
11页
分类号
Q78
字数
语种
中文
DOI
10.3724/SP.J.1260.2014.40004
五维指标
作者信息
序号
姓名
单位
发文数
被引次数
H指数
G指数
1
张绍武
66
809
14.0
26.0
2
邵冬冬
1
0
0.0
0.0
3
张松瑶
2
0
0.0
0.0
传播情况
被引次数趋势
(/次)
(/年)
引文网络
引文网络
二级参考文献
(0)
共引文献
(0)
参考文献
(0)
节点文献
引证文献
(0)
同被引文献
(0)
二级引证文献
(0)
2014(0)
参考文献(0)
二级参考文献(0)
引证文献(0)
二级引证文献(0)
研究主题发展历程
节点文献
致病基因
随机游走
异构网络
k近邻
模块性
研究起点
研究来源
研究分支
研究去脉
引文网络交叉学科
相关学者/机构
期刊影响力
生物物理学报
主办单位:
中国生物物理学会
中国科学院生物物理研究所
出版周期:
双月刊
ISSN:
1000-6737
CN:
11-1992/Q
开本:
大16开
出版地:
北京市朝阳区大屯路15号中国科学院生物物理研究所
邮发代号:
创刊时间:
1985
语种:
chi
出版文献量(篇)
1662
总下载数(次)
4
总被引数(次)
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