分子动力学模拟哇巴因对钠钾ATP酶构象的影响

• 作者: 徐金兵 方彩云 方慧生 李娟
• 来源期刊: 药物生物技术
• 学科: 生物学
• 关键词: 哇巴因 钠钾ATP酶 对接 分子动力学模拟 P区 ASP369
• 年，卷（期）: 2014,（2）
• 所属期刊栏目: 研究论文
• 页码范围: 131-135
• 页数: 5页
• 分类号: Q811.4
• 语种: 中文

摘要

通过对钠钾ATP酶及其与哇巴因的复合物进行分子动力学模拟来研究哇巴因对该酶构象的影响,首先利用对接得到复合物,然后在相同环境中模拟酶单体及其复合物.结果显示,哇巴因的结合使酶αM1与αM2向小分子靠拢,酶的A区向P区发生轻微移动.酶活性腔中疏水残基Phe783,Thr797,Val322,Gly319,Ile320,Ile321,Leu125,Ile315,Ala112与哇巴因形成疏水作用,极性残基Asp121,Thr797,Gln111与哇巴因形成氢键.通过复合物与酶单体比较,在复合物中,A区的212TGES215基序loop区与侧翼残基的移动掩埋了磷酸化Asp369残基,使其不能自身水解,妨碍了酶执行其功能时E2与E1构象转变,从而抑制酶的活性,并且激发钙离子介导的信号传导通道.此方法不仅直观的展现出酶构象的变化并且很好的解释了哇巴因抑制该酶的机制,同时得到的数据结论对传统实验进一步研究该酶起到指导性作用.