基于 AUC Optimized Gibbs 方法的MHC Ⅱ-短肽配体结合特异性预测

• 作者: 卢玉峰 张屹 盛浩
• 来源期刊: 大连理工大学学报
• 学科: 生物学
• 关键词: Gibbs采样方法 表位 MHC Ⅱ分子 约化同源性
• 年，卷（期）: 2014,（1）
• 所属期刊栏目: 化学化工、动力工程
• 页码范围: 28-36
• 页数: 9页
• 分类号: Q811.4
• 字数: 3375字
• 语种: 中文
• DOI: 10.7511/dllgxb201401005

摘要

在以短肽定义的或以抗原定义的疫苗设计中，识别哪个来自病原体的蛋白质片段会结合M HC Ⅱ分子是个重要问题．多数M HC Ⅱ表位预测的研究很少给出结合特异性的定量分析，所以这些模型的精确度仍然需要进一步提高．AUC Optimized Gibbs （AOG ）使用约化同源性的AUC值而不是相对熵来引导采样，使得正样本和负样本的信息都被用于模型的训练．在10个 HLA-DR4（B1*0401）原测试集和约化同源性测试集的测试中，AOG得到的平均AUC值分别是0．771和0．713，优于Gibbs的0．744和0．673．在定量IEDB的M HC Ⅱ测试集中，AOG得到的平均AUC值是0．766，而TEPITOPE得到的平均AUC值是0．718．从HLA-DR4（B1*0401）数据提取的信息可以识别某些有明显特异性的位置，即P1、P4、P6和P9位置，其对M H C-短肽结合有明显的影响．

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	卢玉峰	大连理工大学数学科学学院	20	69	5.0	8.0
2	张屹	河北科技大学理学院	7	13	2.0	3.0
3	盛浩	大连理工大学数学科学学院	1	1	1.0	1.0