马氏珠母贝转录组数据的重新组装

• 作者: 战欣 王爱民 石耀华 陈琼 顾志峰
• 来源期刊: 渔业科学进展
• 学科: 农学
• 关键词: 马氏珠母贝 外套膜 珍珠囊 转录组 454焦磷酸测序
• 年，卷（期）: 2014,（6）
• 所属期刊栏目: 研究论文
• 页码范围: 97-102
• 页数: 6页
• 分类号: S917
• 字数: 4462字
• 语种: 中文
• DOI: 10.11758/yykxjz.20140614

摘要

对本实验室和其他学者已经发表的马氏珠母贝外套膜和珍珠囊的454焦磷酸测序转录组数据以及NCBI中的EST数据进行了重组装、同源序列比对和GO注释分析。重组装获得了30266个contig，平均长度522 bp，其中最长的contig为4144 bp；NR数据库BLAST分析获取了2310个相似性contig (E≤10-5)，其中1902个在模式动物(人、小鼠、海胆、线虫、斑马鱼、果蝇或者太平洋牡蛎和珠母贝)中可以查找到同源序列。基因注释(GO)结果表明，注释到生物学过程的3846个contig可分为23个亚类，其中代谢过程蛋白、细胞过程蛋白和生物学调控蛋白为contig数量最多的3个亚类；注释到分子功能的4601个contig共分为11个亚类，其中结合蛋白的contig数量最多，其次是具有催化活性的蛋白和结构分子活性蛋白；注释到细胞成分的2992个contig分为17个亚类，其中细胞和细胞组成部分的contig数量最多，其次分别是细胞器和大分子复合体contig数量。本研究结果有助于开展外套膜和珍珠囊特异性表达基因的大规模筛选。

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	王爱民	海南大学海洋学院热带生物资源教育部重点实验室海南省热带水生生物技术重点实验室	48	866	17.0	29.0
2	顾志峰	海南大学海洋学院热带生物资源教育部重点实验室海南省热带水生生物技术重点实验室	34	63	4.0	6.0
3	战欣	海南大学海洋学院热带生物资源教育部重点实验室海南省热带水生生物技术重点实验室	4	4	1.0	2.0
4	陈琼	海南大学海洋学院热带生物资源教育部重点实验室海南省热带水生生物技术重点实验室	1	3	1.0	1.0