基于MAX的生物学通路分析实现

• 作者: 佟海龙 刘艳 孙远洁 李昂 温琪 焦辛妮 郑娟娟 顾星博
• 来源期刊: 实用预防医学
• 学科: 医学
• 关键词: 单核苷酸多态性 通路 MAX方法 i-GSEA4GWAS网络分析平台
• 年，卷（期）: 2014,（1）
• 所属期刊栏目: 论著
• 页码范围: 3-8
• 页数: 6页
• 分类号: R195.1
• 字数: 4415字
• 语种: 中文
• DOI: 10.3969/j.issn.1006-3110.2014.01.002

摘要

目的 以WTCCC工期公开发表的高血压SNPs数据作为实际数据,展开基于MAX的生物学通路分析,完成该方法的实现过程,并探讨其优势. 方法 运用Python语言和PLINK软件对数据进行格式转换,应用MAX方法进行单个SNP位点的关联分析,通过i-GSEA4GWAS网络分析平台进行通路分析,寻找疾病的差异表达生物学通路.结果 共筛选出6条差异表达通路,查阅文献发现2条差异表达通路与高血压有直接关系,2条差异表达通路与高血压有间接关系. 结论 在疾病的遗传模型未知的情况下,基于MAX的生物学通路分析综合考虑了多个遗传模型的信息,是一种高效且稳健的分析方法.