基于DNA条形码鉴定豆蔻类中药材

• 作者: 廖保生 王丽丽 王晓玥 陈晓辰 韩建萍
• 来源期刊: 中国现代中药
• 关键词: 豆蔻 DNA条形码 ITS2 物种鉴定
• 年，卷（期）: 2014,（11）
• 所属期刊栏目: 专论
• 页码范围: 888-894
• 页数: 7页
• 字数: 4712字
• 语种: 中文
• DOI: 10.13313/j.issn.1673-4890.2014.11.003

摘要

目的:利用ITS2序列对豆蔻类中药材进行DNA条形码鉴定研究.方法:本文采集了包括豆蔻两个基原白豆蔻Amomum kravanh与爪哇白豆蔻Amomum compactum、红豆蔻Alpinia galanga、草豆蔻Alpinia katsumadai等在内的70份样品,采用试剂盒法提取基因组DNA,应用Primer premier 5.0设计引物,通过聚合酶链式反应(Polymerase Chain Reaction,PCR)扩增其ITS2序列,并对PCR产物进行双向测序,所得序列经CodonCode Aligner V3.71拼接后,采用MEGA5.0软件进行序列比对,计算种内和种间距离,构建邻接树(Neighbor-joining tree,NJ Tree).ITS2序列采用基于隐马尔可夫模型(Hidden Markov model,HMM)的注释方法获得.结果:通过新设计引物扩增的序列可以注释到5.8S与28 S,扩增序列位于ITS2间隔区.采用新设计的引物,所有实验样品均可获得ITS2序列,NJ树结果显示不同种豆蔻类药材分别聚为一支,可以互相区分,且可以与其混伪品相互区分.另外,通过序列比对发现有5个SNP(s)存在于豆蔻与其它物种种间,且有2个稳定的SNP(s)存在于白豆蔻和爪哇白豆蔻种间,可用于二者的准确鉴定.结论:ITS2序列作为DNA条形码可准确稳定地鉴别不同种豆蔻类药材,本研究将为保障临床安全用药提供新的技术手段.

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	陈晓辰	中国医学科学院北京协和医学院药用植物研究所	6	106	5.0	6.0
2	王丽丽	中国医学科学院北京协和医学院药用植物研究所	10	51	5.0	7.0
3	韩建萍	中国医学科学院北京协和医学院药用植物研究所	17	321	11.0	17.0
4	廖保生	中国医学科学院北京协和医学院药用植物研究所	4	62	3.0	4.0
5	王晓玥	中国医学科学院北京协和医学院药用植物研究所	3	15	2.0	3.0