荨麻科植物DNA条形码的筛选

• 作者: 侯新东 曾莉 邢婷婷 韩大永
• 来源期刊: 南方农业学报
• 关键词: 荨麻科植物 DNA条形码 ITS rbcL psbA-trnH matK
• 年，卷（期）: 2014,（2）
• 所属期刊栏目: 作物遗传育种·种质资源·分子生物学
• 页码范围: 178-183
• 页数: 6页
• 分类号: Q78|Q949
• 语种: 中文
• DOI: 10.3969/j:issn.2095-1191.2014.2.178

摘要

[目的]评价不同DNA条形码候选序列对荨麻科植物的鉴别能力,为荨麻科植物鉴定提供参考.[方法]使用ITS、matK、rbcL和psbA-trnH绪列的通用引物对荨麻科植物进行PCR扩增和测序,比较各序列的扩增效率、测序成功率,分析获得序列的碱基组成及变异,比较种间和种内变异的差异,并对条形码间距进行评估.[结果]psbA-trnh序列在荨麻科植物13个种30个样品中的扩增成功率最高(100.0％).psbA-trnH的有效序列获得率最高,为95.4％,ITS为92.3％,rbcL为90.1％,matK为零.ITS序列种间遗传距离范围为0～0.508,psbA-trnH序列为0～0.522,rbcL序列为0～0.532.ITS序列在种间、种内的差异变异及条形码间距较rbcL与psbA-trnH具有更明显的优势.ITS序列构建的系统发育树中不同物种形成单系分支的百分比最高,其次为psbA-trnH、rbcL序列.聚类结果表明,MP法的聚类效果最好,其次为UPGMA法、ML法,NJ法最不理想.[结论]荨麻科植物种间变异明显大于种内变异,DNA条形码适用于荨麻科植物种水平上的鉴定;3个候选序列中无任何一个序列可完全鉴别出不同种类的荨麻科植物,ITS、rbcL与psbA-trnH可作为鉴别荨麻科植物的DNA条形码序列组合.

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	侯新东	中国地质大学环境学院	14	39	5.0	5.0
2	韩大永	中国地质大学环境学院	1	6	1.0	1.0
3	曾莉	中国地质大学环境学院	1	6	1.0	1.0
4	邢婷婷	中国地质大学环境学院	1	6	1.0	1.0