苹果MADS-box转录因子的生物信息学及其在不同组织中的表达

• 作者: 冀志蕊 周宗山 安秀红 徐成楠 田义 董庆龙 迟福梅
• 来源期刊: 中国农业科学
• 关键词: 苹果 MADS-box 转录因子 生物信息学 表达分析
• 年，卷（期）: 2014,（6）
• 所属期刊栏目: 园艺
• 页码范围: 1151-1161
• 页数: 11页
• 语种: 中文
• DOI: 10.3864/j.issn.0578-1752.2014.06.012

摘要

【目的】分析已知苹果（Malus×domestica）MADS-box基因基本信息，研究其在不同组织中表达情况。【方法】利用NCBI数据库查询并获得苹果MADS-box基因，采用CLC Combined Workbench version 6、WebLogo 3、MEGA4.1、MapInspect和MEME等软件对其蛋白序列进行生物信息学分析。采用RT-PCR技术研究MdMADS基因在不同组织中的表达情况。【结果】共得到26个苹果MADS-box基因。MADS-box结构域分析显示，氨基酸10（I）、16-19（RQVT）、22-23（KR）、29-31（KKA）、33（E）、37-39（LCD）、42（V）和48（S）是保守不变的。保守元件分析表明，苹果MADS-box基因包含4个保守元件：元件1、3为MADS盒；元件2、4为K盒。所有苹果MADS-box蛋白都包含有MADS盒（除MdMADS9）和K盒。进化树分析结果显示，苹果MADS基因共分为5个亚组。MdMADS1、3、4、6、7、8、11、18属于SEP亚组；MdMADS2、5、12属于AP1亚组；MdMADS10、14、15、19、22和MdAGL属于AG亚组；MdMADS16、17、21、MdSOC1、MdSOC1a和MdSOC1c属于SOC1亚组；MdMADS13、23和MdPI属于AP3亚组；MdMADS20属于SVP亚组。染色体定位分析显示，MdMADS在8号染色体上分布最多，共有4个；其次是染色体2、14和17，均分布3个；染色体1、5、6、7、11和16均分布1个；染色体3、4、12和15则没有分布。RT-PCR结果分析显示，SEP和AGL亚组表达模式较为一致，主要在花和果实中表达；AP1亚组除在花和果实中表达外，在其它组织器官中也有表达。【结论】苹果MADS-box基因结构高度保守，多数成员参与调控花和果实发育过程。