新型亲和去垢小柱净化-液相色谱-串联质谱法分析水稻叶片蛋白质组

• 作者: 于莎莎 卞英芳 巩佳第 曹晓林 曹赵云 陈铭学
• 来源期刊: 色谱
• 学科: 化学
• 关键词: 亲和去垢小柱 纳升液相色谱-线性离子阱/ 静电场轨道阱组合式高分辨质谱 鸟枪法 蛋白质组学 水稻叶片 十二烷基硫酸钠
• 年，卷（期）: 2014,（11）
• 所属期刊栏目: 研究论文
• 页码范围: 1181-1186
• 页数: 6页
• 分类号: O658
• 字数: 5170字
• 语种: 中文
• DOI: 10.3724/SP.J.1123.2014.06035

摘要

采用亲和去垢小柱净化，建立了水稻叶片蛋白质组的纳升液相色谱-串联质谱分析方法。水稻叶片蛋白质分别采用酚提取法结合十二烷基硫酸钠（sodium dodecyl sulfate，SDS）裂解，裂解液经亲和去垢小柱净化，酶解肽段用纳升液相色谱-线性离子阱/静电场轨道阱组合式高分辨质谱（nanoLC-LTQ / Orbitrap MS）分析，相关数据库检索鉴定。比较了超滤辅助样品制备法（FASP 法）、亲和去垢小柱法和丙酮沉淀法对 SDS 去除效率及对蛋白质鉴定结果的影响。结果表明：3种方法均有较好的 SDS 去除效果（去除效率均大于95％）；尽管3种方法鉴定的蛋白质种类具有一定的互补性，但以亲和去垢小柱法鉴定的蛋白质数目最多，为563种，远多于 FASP 法和丙酮沉淀法的196和306种；此外，亲和去垢小柱法适合于各种相对分子质量和不同 pI 值蛋白质的净化，而 FASP 法和丙酮沉淀法中不同相对分子质量和 pI 值蛋白质均有类似程度的损失。采用本文建立的方法，一次进样分析可鉴定出水稻叶片蛋白质多达588种；肽段匹配数≥2的296个蛋白质的生物学功能主要分为结合活性、酶活性、转移运输活性和结构组成等。该蛋白质分析方法可为开展水稻蛋白质组学研究提供技术参考。