计算DNA序列模式特征的匹配算法

• 作者: 戴胜冬 杨昆
• 来源期刊: 杭州电子科技大学学报（自然科学版）
• 关键词: 算法 生物信息学 DNA序列 模式匹配
• 年，卷（期）: 2015,（1）
• 所属期刊栏目: 基础研究
• 页码范围: 88-92
• 页数: 5页
• 分类号: TP311.1
• 语种: 中文
• DOI: 10.13954/j.cnki.hdu.2015.01.018

摘要

分析了DNA序列特征计算过程中的特殊性，提出了一种基于“空间换时间”的模式匹配算法，设计了以map数据结构来存储中间结果的方案，使得扫描DNA序列一次即可同时计算所有元组模式在该序列中出现的次数。实验结果及分析表明，算法提升了DNA序列模式特征计算的效率，较好地解决了计算DNA序列模式特征的问题。

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	杨昆	杭州电子科技大学计算机学院	8	10	2.0	2.0
2	戴胜冬	杭州电子科技大学计算机学院	3	4	1.0	2.0