中华猕猴桃基因组可变剪接事件鉴定及分析

• 作者: 刘胜毅 刘虹 周晏秋 李刚 程晓晖 童超波 董彩华 覃瑞 黄军艳
• 来源期刊: 中国科学（生命科学）
• 关键词: 中华猕猴桃 可变剪接 基因组 维生素
• 年，卷（期）: 2015,（3）
• 所属期刊栏目: 论文
• 页码范围: 289-300
• 页数: 12页
• 语种: 中文
• DOI: 10.1360/N052014-00275

摘要

可变剪接使一个基因能产生多种mRNA成熟体,极大地增加蛋白多样性.采用中华猕猴桃基因组数据做参考数据,利用中华猕猴桃叶片和果实3个不同发育时期(未成熟、半成熟和成熟期)的转录组数据,从中华猕猴桃基因组(39040个基因)中共鉴定出11651个基因(占总基因数的29％)对应的32180个可变剪接事件.在可变剪接不同类型中,内含子保留类型的发生频率最高,占50％以上;3'可变位点类型频率约为5'端可变类型的2倍.GO富集分析结果表明,可变剪接的基因主要富集于酶调控及核苷酸结合相关功能的GO类别中,而组织特有可变剪接基因功能富集热点与组织的重要功能关联,叶片多为肌动蛋白及微管相关;未成熟果实与双组分信号系统相关;半成熟果实多与磷脂合成过程相关;成熟果实多与信号传递过程相关.另外,55.6％的维生素合成相关基因发生可变剪接事件,显著高于基因组水平的29.6％,暗示着可变剪接参与维生素合成相关基因代谢过程中的重要作用.通过对中华猕猴桃全基因组可变剪接的分析,为解析中华猕猴桃基因组及进一步开展相关分子育种工作提供依据.