人类1号染色体DNA序列8-mer的相对模体数分布及8-mer使用的进化分离

• 作者: 周德良 李宏 杨小希
• 来源期刊: 生物物理学报
• 学科: 生物学
• 关键词: 人类DNA序列 8-mer频数 三峰分布 CG二核苷酸 DNA序列进化
• 年，卷（期）: 2015,（1）
• 所属期刊栏目: 研究论文
• 页码范围: 53-64
• 页数: 12页
• 分类号: Q6|Q78
• 语种: 中文
• DOI: 10.3724/SP.J.1260.2015.40050

摘要

以人类1号染色体DNA序列为样本,分别计算了CDS、5'UTR、3'UTR、内含子和基因间五类序列中8-mer出现的频数,并得到8-mer相对模体数随频数的分布.发现内含子和基因间序列是明显的三峰分布,CDS是单峰分布,5'UTR和3'UTR是近似单峰分布.为了揭示这些分布出现差异的原因,将8-mer集合按照8-mer中包含两个或两个以上某二核苷酸(XY2)、包含一个某二核苷酸(XY1)和包含0个某二核苷酸(XY0)进行分类.发现16种分类中,只有CGj分类的三个子集分别形成独立的单峰分布.表明DNA序列是由三类CGj子集组成的,它们出现的频数是独立进化的结果;实际的8-mer频数分布是这三个CGj频数分布的叠加;由于这三个分布的距离不同,才造成了五类序列中8-mer分布的差异.对五类序列CGj三个子集中二核苷酸和三核苷酸出现的相对频数进行分析,发现CG2模体的相对频数在五类序列中基本相同,CG1模体的相对频数可将五类序列明显区分,CG0模体的相对频数可将编码序列和非编码序列明显区分.总之,CGj模体集合在DNA序列的组成上具有特定的规律性,在DNA序列进化上扮演了重要的角色.

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	李宏		160	656	14.0	18.0
2	杨小希		5	1	1.0	1.0
3	周德良		4	0	0.0	0.0