基因组序列8-mer频次使用规律及与物种进化的关系

• 作者: 吕文萍 朱孝先 李宏 杨镇 段成妍
• 来源期刊: 生物信息学
• 学科: 生物学
• 关键词: 基因组序列 8-mer频谱 CG二核苷分类 独立分离规律 基因组进化
• 年，卷（期）: 2016,（4）
• 所属期刊栏目: 研究论文
• 页码范围: 195-202
• 页数: 8页
• 分类号: Q343.1
• 字数: 4530字
• 语种: 中文
• DOI: 10.3969/j.issn.1672-5565.2016.04.01

摘要

基因组序列k-mer的非随机使用规律及包含的生物学意义一直是人们关注的问题，目前还没有根本性进展。本文以七个物种的全部基因序列为样本，得到各物种基因组序列的8-mer频谱分布。发现狗和牛的频谱有三个峰，而斑马鱼、青鳉鱼、秀丽线虫和酿酒酵母的频谱只有一个峰，鸡的频谱分布形状介于两者之间。将8-mer集合按照XY二核苷含量分类，结果显示只有CG二核苷分类下0CG、1CG和2CG三类子集的频谱形成各自独立的单峰分布。对照随机序列，发现0CG模体是随机进化的，1CG和2CG模体是定向进化的，它们的使用频次远小于随机频次，且这种独立进化分离规律具有物种普适性。三个CG子集频谱之间的距离是产生单峰或多峰现象的根本原因。将七个物种基因组序列标准化到109 bp，比较发现1CG和2CG子集频谱与物种进化显著相关，0CG子集频谱与物种进化无显著关系。可以认为三种CG模体各自执行着不同的生物学功能。基因组序列8-mer的独立分离规律为揭示基因组结构、基因组进化以及模体的生物功能提供了一种新的思维方式。

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	李宏	内蒙古大学物理科学与技术学院	160	656	14.0	18.0
2	朱孝先	内蒙古大学物理科学与技术学院	1	2	1.0	1.0
3	杨镇	内蒙古大学物理科学与技术学院	1	2	1.0	1.0
4	段成妍	内蒙古大学物理科学与技术学院	1	2	1.0	1.0
5	吕文萍	内蒙古大学物理科学与技术学院	1	2	1.0	1.0