剑麻叶绿体基因组编码序列密码子的使用特征

• 作者: 危丹妮 王丽萍 蔡中全 覃剑峰 覃旭 金刚 陈涛 龙凌云
• 来源期刊: 《福建农林大学学报（自然科学版）》
• 关键词: 剑麻 叶绿体基因组 密码子偏好性
• 年，卷（期）: 2018,（6）
• 所属期刊栏目: 生命科学
• 页码范围: 705-710
• 页数: 6页
• 分类号: S563.8
• 语种: 中文
• DOI: 10.13323/j.cnki.j.fafu(nat.sci.).2018.06.011

摘要

以剑麻栽培种H.11648叶绿体基因组为对象,利用CodonW、CUSP、SPSS等软件分析其中的52条蛋白质编码序列的密码子使用特征.结果表明,剑麻H.11648叶绿体基因组编码序列的有效密码子数(Nc)分布于41.34～61.00,其密码子偏好性较弱;第3位碱基GC含量为30.22％,且其叶绿体密码子第3位偏好使用嘧啶;有效密码子数与GC3的相关性达到极显著水平.中性绘图、PR2-plot分析和Nc-plot绘图分析结果表明,剑麻H.11648叶绿体基因组密码子的使用偏好性是受到突变和选择等多重因素共同作用影响而形成的.