白羊草叶绿体基因组密码子使用偏好性分析

• 作者: 高守舆 李钰莹 杨志青 董宽虎 夏方山 山西农业大学草业学院
• 来源期刊: 草业学报
• 关键词: 叶绿体基因组 白羊草 密码子偏好性 最优密码子
• 年，卷（期）: 2024,（7）
• 所属期刊栏目: 研究论文
• 页码范围: 87-97
• 页数: 11页
• 语种: 中文

摘要

叶绿体基因组具有高度的保守性和较慢的进化速率，研究叶绿体基因组密码子偏好性可以明确基因表达效率，确定植物系统发育和物种进化。为解析白羊草及其近缘种的系统发育关系，利用CAIcal和CodonW 1.4. 2等软件分析了白羊草的叶绿体基因组密码子使用模式，并利用白羊草及其近缘种的同义密码子相对使用度(RSCU)数据构建了聚类图。结果显示：经筛选后的白羊草叶绿体基因组序列中GC的平均含量为38.79%，其中GC1>GC2>GC3；密码子第3位碱基多为A或U；有效密码子数(ENC)的取值为36～61，密码子偏好性较弱；高频率使用的密码子共计26个，其中25个高频密码子以A或U结尾。结合中性绘图、ENC-plot、ENC比值和PR2-plot分析，结果表明白羊草叶绿体基因的密码子偏好性同时受到突变压力和自然选择的影响，且突变压力的影响较大。RSCU数据分析共筛选出15个最优密码子，均以A或U结尾。RSCU聚类结果显示白羊草在密码子使用模式上与近缘物种有所不同。本结果可为孔颖草属植物系统发育研究提供参考。