小鼠烧伤后时序芯片数据分析及免疫标志物的初步筛选

• 作者: 卢志阳 史鹏伟 杨磊 温皇鼎 王桂芳 金辉 高艳彬
• 来源期刊: 暨南大学学报（自然科学与医学版）
• 学科: 医学
• 关键词: 烧伤 免疫系统过程 功能富集分析 免疫相关蛋白互作网络
• 年，卷（期）: 2015,（3）
• 所属期刊栏目: 医学
• 页码范围: 275-281
• 页数: 7页
• 分类号: R644
• 字数: 3320字
• 语种: 中文
• DOI: 10.11778/j.jdxb.2015.03.016

摘要

目的：从基因转录水平探讨烧伤早期免疫系统功能变化情况，并筛选烧伤后免疫相关标志物，为临床诊疗提供新思路．方法：GEO 数据库下载 GSE7404数据集（小鼠，25％TBSA，3度），共获得32例基因表达谱数据．应用配对样本 t 检验和倍比法（fold-change，FC）筛选差异表达基因（P-value ＜0.01和｜lgFC ｜＞1）．分别利用 DAVID数据库和 STRING 数据库进行生物学过程功能富集分析及构建免疫相关蛋白互作网络．互作网络的模块及可视化分析应用 Cytoscape 软件进行，并用 BINGO 插件进行模块功能分析．结果：在烧伤后第1 d 的基因表达谱的变化最显著，共1825个差异基因被选出，其中上调基因658个，下调基因1167个．功能富集分析显示刺激反应和免疫系统过程等生物学功能贯穿整个烧伤早期．蛋白互作网络分析表明 LCK、CCR2、TLR2和 MyD88等免疫相关基因可能在烧伤早期免疫功能变化过程中起着重要的作用．结论：利用生物信息学方法，分析烧伤后时序基因芯片数据，可以有效地揭示烧伤后免疫系统潜在的分子机制，可以为早期诊断和治疗靶点的筛选提供新的思路．

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	杨磊	南方医科大学南方医院烧伤科	55	328	10.0	14.0
2	高艳彬	南方医科大学南方医院烧伤科	8	46	5.0	6.0
3	金辉	南方医科大学南方医院烧伤科	5	21	3.0	4.0
4	卢志阳	南方医科大学南方医院烧伤科	7	41	4.0	6.0
5	史鹏伟	南方医科大学南方医院烧伤科	8	44	4.0	6.0
6	王桂芳	南方医科大学南方医院烧伤科	3	51	3.0	3.0
7	温皇鼎	南方医科大学南方医院烧伤科	5	105	4.0	5.0