拭子提取黏膜部细菌DNA方法的优化

• 作者: 何峰 周晓莹 张哲 明慧馨 李萍 杜春平 肖雪 陈静珊 黄光武
• 来源期刊: 广西医科大学学报
• 学科: 生物学
• 关键词: 黏膜部 细菌 拭子 DNA提取 T-RFLP
• 年，卷（期）: 2015,（2）
• 所属期刊栏目: 基础研究
• 页码范围: 165-168
• 页数: 4页
• 分类号: Q781
• 字数: 3155字
• 语种: 中文

摘要

目的:探索一种适合于黏膜部微生物组学分析的DNA抽提方法.方法:评价玻璃珠机械破碎法+溶菌酶裂解法结合DNA提取试剂盒法(Beads+ Lysozyme+ QIA法)和溶菌酶裂解法结合DNA提取试剂盒法(Lysozyme+ QIA法)对9例鼻咽拭子和5株常见细菌的DNA提取效果.利用NanoDrop 2000测定DNA的浓度;以末端限制性片段长度多样性(T-RFLP)分析DNA的生态结构多态性.结果:两种方法对鼻咽拭子总DNA提取量无明显差别(P=0.288);T-RFLP结果显示,Beads+Lysozyme+ QIA法可得到92种末段限制性片段(T-RF),高于Lysozyme+ QIA法所得的43种,Beads+ Lysozyme+ QIA法SDI为(2.34±0.43)明显高于Lysozyme+ QIA法(1.61±1.09)(P=0.03),Beads+ Lysozyme+ QIA法可以获得更丰富的T-RF;Beads+ Lysozyme+ QIA法在表皮葡萄球菌、金黄色葡萄球菌、大肠埃希菌中可获得更高的DNA提取量(均P＜0.05),在甲型溶血性链球菌和枯草芽孢杆菌中两种方法无明显差异(P＞0.05).结论:优化的拭子提取细菌DNA的方法可以更大程度地反映样本中微生物的多样性,减少偏倚;有利于黏膜部微生物组学的研究.