燕麦隐性核不育 cSSR 标记的开发及其验证

• 作者: 刘龙龙 崔林 张丽君 畅志坚 郭彬
• 来源期刊: 草业学报
• 关键词: 燕麦 cSSR SSR 标记
• 年，卷（期）: 2015,（7）
• 所属期刊栏目: 研究论文
• 页码范围: 146-154
• 页数: 9页
• 字数: 6243字
• 语种: 中文
• DOI: 10.11686/cyxb2014232

摘要

构建燕麦隐性核不育转录组数据库，开发 cSSR 标记，丰富燕麦分子标记数据库，并对隐性核不育相关 cSSR标记进行验证，为充分利用燕麦种质资源及深入研究隐性核不育奠定基础。对燕麦雄性不育近等基因系 CAMS1进行转录组测序，利用软件对得到的 EST 序列进行 SSR 位点查找和分析，开发 cSSR 引物。并用 CAMS1×品燕2号 F2代群体对所开发的雄性不育相关的 cSSR 引物进行验证。通过转录组测序获得的 EST 序列中6409条存在SSR 位点，736条序列中有2个及2个以上 SSR 位点；在所有 SSR 位点中三核苷酸、二核苷酸重复序列最多，分别为4340（56．66％）和1768（24．30％）个。三核苷酸重复中，CCG／CGG（26．68％）、AGG／CTT（21．29％）、AGC／CTG （18．48％）出现的频率较多，二核苷酸重复中，以 AG／CT（60．63％）和 AC／GT（26．24％）出现的频率较高；根据开发的 cSSR 设计了13344对 cSSR 引物，选择与雄性不育相关且能设计引物的21条序列合成45对 SSR 引物。PCR检测表明，32对引物（71％）有扩增产物，其中11对 cSSR 引物在亲本间的扩增产物具有多态性，7对引物在可育和不育性状池间存在差异。本研究对燕麦雄性不育近等基因系 CAMS1进行了转录组测序，根据得到的 EST 序列开发了13344对 cSSR 引物，并利用 CAMS1×品燕2号 F2代群体进行有效性检测，32对引物有扩增产物，7个标记可用于燕麦雄性不育材料的分子检测。

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	畅志坚	山西省农业科学院作物研究所	39	481	12.0	20.0
2	刘龙龙	山西省农业科学院农作物品种资源研究所农业部黄土高原作物基因资源与种质创制重点实验室	19	111	6.0	10.0
3	张丽君	山西省农业科学院农作物品种资源研究所农业部黄土高原作物基因资源与种质创制重点实验室	11	38	3.0	6.0