植物群体遗传进化研究方法探析

• 作者: 刘之慧 宋艰难 董清华 郎娜
• 来源期刊: 北京农学院学报
• 学科: 生物学
• 关键词: 群体进化 遗传 软件 算法
• 年，卷（期）: 2016,（2）
• 所属期刊栏目: 生物科学
• 页码范围: 5-9
• 页数: 5页
• 分类号: Q347
• 字数: 3588字
• 语种: 中文
• DOI: 10.13473/j.cnki.issn.1002-3186.2016.0202

摘要

[目的]评估植物群体遗传进化研究涉及的相关算法软件,为该研究领域提供方法选择参考.[方法]利用重测序数据,就群体遗传进化研究的各种算法做比较,对相关算法分析效果做对比评估.[结果]评估结果表明,进化树耗时和数据大小、模型选择均有较大关系,两者共同决定运算时间,另外运算效果还和多序列的比对效果有很大关系.群体结构分析fastStructure、Admixture软件运算速率、准确度较Structure软件有明显提高.主成分分析耗时相对较少,可用Cluster和R软件实现,两款软件的计算结果可相互验证;连锁不平衡分析推荐Plink2软件.[结论]算法及软件的选择对植物群体遗传进化研究的效率、结果影响较大.

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	董清华	北京农学院植物科学技术学院	33	339	12.0	17.0
2	郎娜	北京农学院植物科学技术学院	2	1	1.0	1.0
3	刘之慧	北京农学院植物科学技术学院	1	0	0.0	0.0
4	宋艰难	北京农学院植物科学技术学院	3	3	1.0	1.0