PCR扩增循环数对细菌群落多样性测序分析的影响

• 作者: 安云鹤 李俊博 武会娟 王金龙 田彦捷 郑学娟 高丽娟
• 来源期刊: 生物工程学报
• 关键词: PCR扩增循环数 高通量测序 微生物多样性分析
• 年，卷（期）: 2016,（8）
• 所属期刊栏目: 生物技术与方法
• 页码范围: 1115-1123
• 语种: 中文
• DOI: 10.13345/j.cjb.150451

摘要

运用高通量测序技术分析复杂样品中微生物群落组成及变化趋势,已经成为目前微生物研究领域的热点之一.本研究以复杂土壤样品和应用范围较广的瘤胃食糜样品为对象,选取20、25和30三个扩增循环数分别对样品的16S rRNA基因的V3区进行扩增,然后进行文库构建和测序.最后通过数据分析比较不同的扩增循环数对细菌多样性测定结果的影响.结果表明,扩增循环数越多,捕获到的细菌数量和种类越多;但并非循环数越多,群落中的微生物组成比例最优.整体来看,当扩增循环数为25时,样品中物种的数量和组成是最优的.