用基因互作网络识别胰腺导管腺癌基因生物标记

• 作者: 王新格 田卫东
• 来源期刊: 复旦学报（自然科学版）
• 学科: 生物学
• 关键词: 胰腺导管腺癌 基因生物标记 基因互作网络 功能富集分析
• 年，卷（期）: 2016,（5）
• 所属期刊栏目: 生物信息学
• 页码范围: 642-648
• 分类号: Q332
• 语种: 中文

摘要

胰腺导管腺癌(PDAC)是全球高致死率癌症中的一种.PDAC基因生物标记的识别可以通过构建基因互作网络完成.利用蛋白质互作网络来分析与研究基因表达芯片数据,构建出PDAC基因互作网络并对其划分基因模块,进而筛选出在模块中的PDAC差异性表达基因.通过筛选在癌症样本和正常组织样本中共表达的基因对,并利用STRING蛋白质互作网络评估基因功能相关性,构建出具有PDAC特异性的基因互作网络.利用iNP算法进行网络模块化分,在每一个模块中,模块内基因都具有强的共表达特性和模块功能相关性.通过筛选,获得了34个基因模块,其中20个在癌症样本中表达明显上调,14个在癌症样本中表达明显下调.从这些模块中又筛选出在PDAC样本中表达上调的10个基因生物标记,如DMBT1、DSC3等和表达下调的10个基因生物标记,如DLG5、NRCAM等.

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	田卫东	复旦大学生命科学学院生物统计学与计算生物学系	7	7	2.0	2.0
2	王新格	复旦大学生命科学学院生物统计学与计算生物学系	1	1	1.0	1.0