Mitf-m敲除小鼠的基因差异表达分析

• 作者: 任丽丽 塞娜 杨仕明 王克双 王晓东 郭维维 陈磊
• 来源期刊: 中国听力语言康复科学杂志
• 关键词: Mitf-m基因 血管纹 RNA-Seq技术 差异表达基因
• 年，卷（期）: 2016,（1）
• 所属期刊栏目: 基础研究
• 页码范围: 7-12
• 页数: 6页
• 字数: 5000字
• 语种: 中文
• DOI: 10.3969/j.issn.1672-4933.2016.01.002

摘要

目的 使用RNA-Seq技术分析Mitf-m敲除鼠与野生鼠的血管纹转录组,研究Mitf-m基因敲除后的差异表达基因及相关改变的分子机制.方法 分别取Mitf-m敲除鼠(Mitfm’△M/mi-△M;MM组)与野生鼠(Mitf-m+/+;WW组)的血管纹进行总RNA提取;制备cDNA文库,用Illumina HiSeq 2000测序系统行高通量测序.利用软件Tophat 2.2.0将clean reads比对到参考基因组;分别用软件RSeQS-2.3.2和cufflinks来检测测序结果的均一性和基因表达水平.使用edgeR和DESeq程序筛选差异表达基因(differential expressed genes,DEGs);选择下调DEGs,用KOBAS2.0进行基因本体(gene ontology,GO)和京都基因与基因组百科全书(Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes,KEGG)代谢途径的富集分析.结果 MM组与WW组在参考基因组上mapping的clean reads数分别为42463888和3971 8542,分别有88.7％和87.4％的reads是唯一映射,说明RNA-Seq结果可靠.DEGs筛查结果表明,相对于WW组,Mitf-m敲除鼠血管纹有45个DEGs,上调表达基因有7个,下调表达基因有38个.GO富集分析发现下调表达基因与黑色素的合成和代谢过程、色素沉着有关,值得关注的是与内向整流钾离子通道Kcnj 10和Kcnj13相关.KEGG富集分析显示下调表达基因主要富集于黑色素生成通路.结论 RNA-Seq分析拓展了Mitf-m基因调控网,为探究Mitf-m突变所致听力-色素综合征的分子机制及特异性研究Mitf不同转录子的功能奠定了基础.

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	王晓东	中国人民解放军总医院耳鼻咽喉头颈外科	106	536	12.0	20.0
2	郭维维	中国人民解放军总医院耳鼻咽喉头颈外科	7	21	3.0	4.0
3	塞娜	中国人民解放军总医院耳鼻咽喉头颈外科	2	1	1.0	1.0
4	陈磊	中国农业大学农业生物技术国家重点实验室	12	178	7.0	12.0
5	王克双	中国人民解放军总医院耳鼻咽喉头颈外科	1	0	0.0	0.0
9	任丽丽	中国人民解放军总医院耳鼻咽喉头颈外科	1	0	0.0	0.0