肠致病性大肠埃希菌EPECDeng致病岛基因进化特点

• 作者: 余治健 刘晓军 姚伟明 李多云 杨唯枝 王红燕 邓向斌 邓启文 郑金鑫 陈重
• 来源期刊: 中国感染控制杂志
• 学科: 医学
• 关键词: 肠致病性大肠埃希菌 高通量测序 全基因组序列 致病岛 核心基因 同源性
• 年，卷（期）: 2016,（1）
• 所属期刊栏目: 论著
• 页码范围: 1-9
• 页数: 9页
• 分类号: R378|R394.3
• 字数: 3859字
• 语种: 中文
• DOI: 10.3969/j.issn.1671-9638.2016.01.001

摘要

目的：分析肠致病性大肠埃希菌（EPEC）致病岛（PAIs）基因进化特点。方法 EPEC Deng 分离自我国婴幼儿腹泻患者粪便标本，鉴定该菌株血清型并进行药敏试验；采用 Illumina 2000仪器对菌株进行全基因序列测序，PHAST 软件定位菌株原噬菌体（prophages，PPs）在染色体中的位置，MUMmer 软件进行共线性分析，构建系统发育树，了解同源基因进化规律。应用 PAI finder 软件对基因组进行 PAIs 预测，了解 PAIs 核心区域（LEE）和核心基因同源进化规律，并进行遗传多态性分析。结果 EPEC Deng 菌株归属 O119∶H6，药敏结果显示该菌株对环丙沙星、左氧氟沙星及氨苄西林耐药，对其余的抗菌药物均敏感。基因组（染色体）序列大小为5025482 bp （GC 含量为50．52％），质粒序列大小为207564 bp（GC 含量为49．50％）。共找到17个 PPs，系统发育树分析发现，EPEC Deng 株基因组与 O26∶H11、O111∶H 同源性较高；EPEC Deng 株 PAIs 和核心基因均与 RDEC-1和O26∶H413／89-1株具有高同源性；遗传多样性分析结果显示，紧密素（eae ）及其受体（tir）多态性丰富，π值均＞0．10，Ⅲ型分泌系统（TTSS）分泌蛋白相对稳定。结论此研究明确了 EPEC Deng 株基因组及 PAIs 的进化特点，有助于了解了本土分离的 EPEC 基因特点。