超声波细胞粉碎机在高通量测序片段化 DNA 中的应用

• 作者: 农嵩 卢舒雨 李根亮 肖娟 许苡侥 黄捷 黄晓敏
• 来源期刊: 右江民族医学院学报
• 学科: 生物学
• 关键词: 基因组 DNA 高通量测序 超声波细胞粉碎机 DNA 片段化 (羟)甲基化免疫共沉淀
• 年，卷（期）: 2016,（5）
• 所属期刊栏目: 论著与临床报道
• 页码范围: 466-469
• 页数: 4页
• 分类号: Q93-33
• 字数: 3431字
• 语种: 中文

摘要

目的：探讨超声波细胞粉碎机在高通量测序中应用的最佳 DNA 片段化条件。方法 DNA 样品在冰浴条件下采用不同的超声功率、单次间隙时间和超声时间、工作时间(单一样品超声破碎时间)、仪器连续工作时间,通过琼脂糖凝胶电泳和2100生物分析仪分别检测基因组 DNA 片段化和羟甲基化免疫共沉淀效果。结果超声功率280 W、间隙时间/超声时间5 s/5 s、总工作时间18 min,仪器连续工作时间不超过90 min,超声波处理时样品始终保持冰浴环境可获得高通量测序需要的、长度主要集中在200~500 bp 之间的 DNA 片段。结论在我们优化的实验条件下,利用超声波细胞粉碎机可以得到重复性较好的基因组 DNA 片段,可满足高通量测序文库构建中对 DNA 片段质量的要求。

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	农嵩		61	382	11.0	16.0
2	黄捷		9	54	3.0	7.0
3	李根亮		30	35	4.0	4.0
4	许苡侥		2	3	1.0	1.0
5	黄晓敏		19	69	4.0	7.0
6	卢舒雨		1	2	1.0	1.0
7	肖娟		8	17	3.0	3.0