杜长大猪、二花脸猪和莱芜猪3个群体25种血液性状的全基因组关联分析

• 作者: 刘晨龙 张志燕 张慧 杨慧 段艳宇
• 来源期刊: 中国农业科学
• 关键词: 猪 血液性状 全基因组关联分析 候选基因
• 年，卷（期）: 2016,（4）
• 所属期刊栏目: 畜牧·兽医·资源昆虫
• 页码范围: 739-753
• 语种: 中文
• DOI: 10.3864/j.issn.0578-1752.2016.04.013

摘要

[目的]利用全基因组关联分析定位影响杜长大猪(DLY)、二花脸猪(EHL)和莱芜猪(LW)3个群体25种血液性状的染色体位点,为最后鉴定影响这些性状的因果基因提供前期基础,同时为猪抗病育种和生产提供参考.[方法]将610头杜长大三元杂猪在(180土5)日龄,336头二花脸猪和333头莱芜猪在(300土5)日龄进行统一屠宰.收集2 mL血液于抗凝管中,利用全自动生化分析仪进行25种血液性状的血常规检测.采集猪耳组织提取DNA并测浓度和质量.将质检合格的DNA样品利用Illumina 60K SNF芯片进行基因型判定.运用PLINK软件对判型结果进行质量控制,将合格的SNP标记用于后续的关联分析.使用R语言GenABEL软件包中的广义混合线性模型进行全基因组关联分析,定位影响3个群体25种血常规性状的显著性染色体位点.据全基因组关联分析结果,在Ensembl或NCBI网站上搜寻潜在的位置候选基因.[结果]杜长大猪、二花脸猪和莱芜猪三个群体通过质控的有效表型数据个体数分别为552头、325头和281头.60K SNPs经过质量控制过后,杜长大猪剩余56 216SNPs,莱芜猪剩余49 343 SNPs,二花脸猪剩余35 974 SNPs,用于Meta分析的SNPs共有32 967.运用全基因组关联分析和Meta分析共定位到610个显著影响3个群体25种血液性状的SNPs,其中135个SNPs达基因组显著水平,475个SNPs达建议水平;分布在所有染色体上.在杜长大猪中共鉴别到32个基因组显著水平SNPs以及85个建议水平SNPs,且8种性状有基因组显著水平的SNPs,分别是淋巴细胞数目(LYM)、淋巴细胞比率(LYMR)、嗜碱性粒细胞数目(BAS)、嗜碱性粒细胞比率(BASR)、平均红细胞体积(MCV)、红细胞分布宽度变异系数(RDW_CV)、平均红细胞血红蛋白含量(MCH)和血小板分布宽度(PDW).在二花脸猪中共鉴别到33个基因组显著水平SNPs以及139个建议水平SNPs,且9种性状有基因组显著水平的SNPs,分别是LYM、MCH、平均红细胞血红蛋白浓度(MCHC)、单核细胞数目(MON)、单核细胞比率(MONR)、平均血小板体积(MPV)、中性粒细胞比率(NEUR)、大血小板细胞(P_LCC)以及血小板压积(PCT).在莱芜猪中共鉴别到54个基因组显著水平SNPs以及169个建议水平SNPs,且6种性状有基因组显著水平的SNPs,分别是BASR、红细胞压积(HCT)、MCH、MCHC、MCV和红细胞数目(RBC).在Meta分析结果中,共鉴别到16个基因组显著水平SNPs以及82个建议水平SNPs,且6种性状有基因组显著水平SNPs,分别是RBC、HCT、MCH、MCHC、MCV以及MON.通过在Ensembl或NCBI网站上搜寻最强相关SNP区域内的候选基因,初步将F13A1、SPTA1、DBNL、SLC25A28、CTSC基因分别确定为影响BASR、HCT、LYM、MCHC、NEUR的重要候选基因.[结论]通过全基因组关联分析和Meta分析共得到610个显著影响杜长大猪、二花脸猪和莱芜猪3个群体25种血液性状的SNP位点,初步确定F13A1、SPTA1、DBNL、SLC25A28和CTSC基因分别是BASR、HCT、LYM、MCHC和NEUR的重要位置候选基因,为解析商业猪和纯种地方猪的血液性状或免疫性疾病提供重要参考.

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	段艳宇	江西农业大学省部共建猪遗传改良与养殖技术国家重点实验室	7	12	3.0	3.0
2	张慧	江西农业大学省部共建猪遗传改良与养殖技术国家重点实验室	8	67	4.0	8.0
3	张志燕	江西农业大学省部共建猪遗传改良与养殖技术国家重点实验室	5	11	3.0	3.0
4	刘晨龙	江西农业大学省部共建猪遗传改良与养殖技术国家重点实验室	2	2	1.0	1.0
5	杨慧	江西农业大学省部共建猪遗传改良与养殖技术国家重点实验室	1	0	0.0	0.0