基于基因组重测序的广西地方猪种遗传多样性和选择信号分析

• 作者: 黎旺长 刘玮玮 龙佳佳 杨小淦 广西大学动物科学技术学院/广西畜禽繁育与疾病防控重点实验室
• 来源期刊: 南方农业学报
• 关键词: 广西地方猪种 西方商业猪种 遗传多样性 选择信号 基因组重测序
• 年，卷（期）: 2024,（8）
• 所属期刊栏目: 畜牧·兽医·水产·蚕桑
• 页码范围: 227-234
• 页数: 8页
• 语种: 中文

摘要

【目的】基于全基因组重测序研究分析广西地方猪种与西方商业猪种的遗传结构，挖掘出广西地方猪种的选择基因，为我国地方猪种质资源的保存和利用打下基础。【方法】对广西地方猪种(巴马香猪、东山猪和陆川猪)和西方商业猪种(杜洛克猪、长白猪和大白猪)共60头猪个体进行基因组重测序分析，经质控后分别进行猪种亲缘关系、主成分层次、连锁不平衡衰减、群体遗传结构、系统发育进化树及群体遗传分化指数(Fst)等分析。【结果】西方商业猪种与广西地方猪种间的群体遗传关系较远，西方商业猪种群体聚集在一起，而广西地方猪种群体较分散；构建的系统发育进化树显示，6个猪种聚类成3个分支，其中，东山猪单独聚为一支，巴马香猪和陆川猪聚为一支，而杜洛克猪、大白猪和长白猪聚类在另一分支上。广西地方猪种组均被选择的位点共有641个受选择区域，最终定位注释到108个基因，其中Cenpp基因的受选择区域高达25个。这些基因显著注释到自然杀伤细胞分化正向调控、翻译抑制因子活性、mRNA调控元件结合、肽激素加工、正调控细胞迁移参与新生血管生成、电压门控离子通道活性及离子跨膜转运调控等GO功能条目；KEGG信号通路富集分析发现显著富集于内吞作用、cGMP-PKG信号、胆汁分泌、肌醇磷酸盐代谢和磷脂酰肌醇信号系统等通路上。【结论】广西地方猪种与西方商业猪种间存在明显差异，但广西地方猪种内部存在较高的近交现象，部分猪种可能受到西方商业猪种的影响，而导致其血统不纯。广西地方猪种共有641个受选择信号区域，定位注释到的108个基因主要参与离子跨膜转运、磷脂酰肌醇信号系统、正调控细胞迁移及新生血管生成等通路，其中Mrps27基因可能与广西地方猪种独特的生长发育有关。