基于RAD-seq简化基因组测序的金湖乌凤鸡遗传进化研究

• 作者: 张会永 朱云芬 李国辉 殷建玫 沈华伟 沈海玉 王克华 窦新红 苏一军 薛倩 邹剑敏 韩威
• 来源期刊: 《福建农林大学学报（自然科学版）》
• 关键词: 金湖乌凤鸡 简化基因组测序 遗传进化
• 年，卷（期）: 2020,（2）
• 所属期刊栏目: 动物科学
• 页码范围: 206-211
• 页数: 6页
• 分类号: S831.2
• 语种: 中文
• DOI: 10.13323/j.cnki.j.fafu(nat.sci.).2020.02.010

摘要

利用RAD-seq简化基因组测序鉴定金湖乌凤鸡与其它18个地方鸡种、2个引入肉鸡品种的SNP标记,计算遗传统计量,分析金湖乌凤鸡的遗传多样性和遗传结构,鉴定受选择基因.结果表明,在金湖乌凤鸡中鉴定出SNP标记325531个,SNP标记在染色体上均匀分布.金湖乌凤鸡的观察杂合度Ho为0.2136、核苷酸多样度Pi为0.2404,近交系数Fis为0.1116,与其它18个地方鸡种相比遗传多样性较为丰富;金湖乌凤鸡的平均遗传分化系数Fst为0.1556,平均基因流Nm为1.3982,在系统发育树中形成一个相对独立的分支.通过Fst和θπ检验,在金湖乌凤鸡中发现23个受选择区域,包含104个受选择基因,功能分析表明这些受选择基因主要富集在代谢过程、发育过程、细胞信号转导等生物学通路.