基于RAD-seq技术分析边鸡保种群体的遗传进化

• 作者: 张会永 朱云芬 李国辉 殷建玫 王克华 苏一军 薛倩 邹剑敏 韩威 魏清宇
• 来源期刊: 农业生物技术学报
• 学科: 农学
• 关键词: 边鸡 简化基因组测序(RAD-seq) 选择信号 遗传进化 种质特性评价
• 年，卷（期）: 2019,（12）
• 所属期刊栏目: 研究论文与报告
• 页码范围: 2198-2206
• 页数: 9页
• 分类号: S831.2
• 字数: 5077字
• 语种: 中文
• DOI: 10.3969/j.issn.1674-7968.2019.12.011

摘要

边鸡(Gallus gallus)是我国珍贵的地方鸡遗传资源.从分子水平上探究边鸡保种群的遗传多样性和分子遗传进化,对该品种资源的保护具有重要意义.本研究利用简化基因组测序(restriction-site associated DNA sequence,RAD-seq)检测边鸡群体的SNP标记,通过计算遗传统计量,分析比较边鸡群体与其他地方鸡种群体的遗传差异,并对进化过程中受到选择的基因进行功能注释.结果在边鸡保种群体中鉴定出SNP标记319723个,保种群体的观察杂合度(observed heterozygosity,Ho)为0.193,核苷酸多样度(Pi)为0.231,近交系数为0.167,近交水平相对较高.连锁不平衡分析表明,边鸡群体各等位基因不存在强烈的连锁不平衡现象.模型聚类结果表明,边鸡与大骨鸡、安义瓦灰鸡及狼山鸡聚为一类,亲缘关系较近.对鉴定出的前200个受到强烈选择的基因进行基因本体论(Gene Ontology,GO)和京都基因与KEGG注释分析,这些差异基因主要富集在代谢、神经受体—配体的相互作用、丝裂原活化蛋白激酶(mitogen-activated protein kinase,MAPK)、血管内皮生长因子等信号通路.基因功能分析的结果有助于了解边鸡的抗寒、耐缺氧、繁殖力、神经系统发育和抗逆性等特殊性状形成的分子机理,为我国地方鸡种的遗传进化、种质特性评价及品种保护提供理论依据.