基于RAD-seq技术的异型花SSR信息分析

• 作者: 张发起 徐明行 朱明星 王久利 陈世龙
• 来源期刊: 植物研究
• 学科: 生物学
• 关键词: RAD-seq 简化基因组测序 异型花 SSR 獐牙菜亚族
• 年，卷（期）: 2017,（3）
• 所属期刊栏目: 研究报告
• 页码范围: 447-452,460
• 页数: 7页
• 分类号: Q949.776.4
• 字数: 4201字
• 语种: 中文
• DOI: 10.7525/j.issn.1673-5102.2017.03.016

摘要

用RAD-seq(restriction-site associated DNA sequencing)对异型花(Sinoswertia tetraptera(Maxiowicz)T.N.Ho,S.W.Liu&J.Q.Liu)进行简化基因组测序,并借此分析异型花的SSR(simple sequence repeats)信息.利用SRsearch软件甄别所得序列中的SSR,得到了双端各有至少100 bp的SSR位点5 844个,其中5 339个(91.38％)成功设计引物,而三核苷酸SSR位点最多(3 323个);在能成功设计引物的SSR位点中,重复序列长度包括17种(12～36 bp);重复序列的基序共277种,其中五核苷酸基序种类最多(106种);随机挑选10对SSR引物,用4个异型花居群的32个个体检测检测其可用性和多态性,经PCR和聚丙烯酰氨凝胶电泳检测,有4对(ST2、ST3、ST6和ST10)成功扩增并表现出多态性;经GENEPOP4.4对4个位点分析,显示其等位基因数量均值为6,多态性较高且不连锁(P＜0.01);4个位点在多数居群中偏离哈迪温伯格平衡(P＜0.01)且存在较高的纯合子数量(观测杂合度均值0.023),该结果归因于异型花主要进行自花授粉,在自然界中很难形成进行自由交配的居群;此外,ST2和ST6可在椭圆叶花锚(Halenia ellipticaD.Don)中成功扩增,具有潜在通用性.本研究将为日后基于异型花SSR标记的相关研究提供数据库支持.

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	王久利		6	12	2.0	3.0
5	朱明星	青海大学生态环境工程学院	1	7	1.0	1.0
6	徐明行	青海大学生态环境工程学院	1	7	1.0	1.0
7	陈世龙		1	7	1.0	1.0