新疆和西藏棕鳟群体的遗传多样性分析

• 作者: 吴昊天 李亚琳 王军 陈晓雯 陆颖 王成辉
• 来源期刊: 南方农业学报
• 关键词: 棕鳟 群体遗传学 选择消除分析 基因组 重测序 新疆 西藏
• 年，卷（期）: 2022,（5）
• 所属期刊栏目: 水产科学
• 页码范围: 1425-1433
• 页数: 8页
• 分类号: S917.4
• 语种: 中文
• DOI: 10.3969/j.issn.2095-1191.2022.05.025

摘要

【目的】了解新疆和西藏地区棕鳟养殖群体的遗传多样性状况，解析两地棕鳟的亲缘关系和遗传差异，为棕鳟的分子辅助育种打下数据和方法基础。【方法】采用第二代高通量测序技术对来自新疆达坂城和西藏亚东的2个棕鳟群体各12个个体进行基因组重测序，利用鉴定得到的多态性信息位点进行群体结构、群体遗传多样性和群体间的选择消除分析。【结果】全基因组重测序在2个棕鳟群体中共获得4694474928条Illumina测序序列（reads），参考棕鳟基因组，共鉴定出8559684个单核苷酸多态性（SNP）位点，根据获得的SNP进行计算后发现，新疆和西藏棕鳟群体的遗传多样性指标相似，西藏棕鳟的遗传多样性略高于新疆棕鳟。个体系统发育进化树、群体结构分析和多态性位点主成分分析均显示，2个群体的亲缘关系相近，而连锁不平衡衰减分析表明，西藏棕鳟群体受到的选择压力较大。基于群体分化指数（FST）和核苷酸多态性（Pi）计算的选择消除分析发现，主要在新疆群体的第5号和第19号染色体上，以及西藏群体的第17号和第18号染色体上的较大区域内存在强烈的选择信号，位于这些区域里的共94个基因可能受到较强的选择压力，其中有21个基因与免疫或疾病相关（17个来自于西藏群体，4个来自新疆群体）。【结论】新疆棕鳟和西藏棕鳟源于同一种源，2个群体的遗传多样性差异较小。西藏棕鳟受到的环境选择压力更加明显，受到选择的基因以免疫相关基因为主。