基于SNP和InDel标记的巴西木薯遗传多样性与群体遗传结构分析

• 作者: 孙倩 邹枚伶 张辰笈 江思容 Eder Jorge de Oliveira 张圣奎 夏志强 王文泉 李有志
• 来源期刊: 作物学报
• 关键词: 木薯 SNP InDel 遗传多样性 群体结构
• 年，卷（期）: 2021,（1）
• 所属期刊栏目: 作物遗传育种·种质资源·分子遗传学
• 页码范围: 42-49
• 页数: 7页
• 语种: 中文
• DOI: 10.3724/SP.J.1006.2021.04067

摘要

为了对巴西木薯种质资源进行遗传多样性、亲缘关系和群体遗传结构分析, 本研究利用了7946个SNPs和1997个InDels分子标记, 通过ADMIXTURE软件进行群体结构分析、GCTA软件进行主成分分析。结果显示, 巴西木薯被划分为9个亚群。这与利用PHYLIP进行的聚类分析结果大概一致, 其中亚群1、亚群2、亚群4、亚群6和亚群8能较好地分别聚在一起, 而其他亚群中的样品大致能聚在一起, 且样品间有一定的交叉。巴西木薯种质资源遗传多样性指数(0.274)高于中国、尼日利亚等, 其中巴西木薯亚群5具有相对较高的遗传多样性水平(0.29)。巴西木薯各亚群的群体遗传分化程度较低(群体分化指数在0.03~0.15之间), 但高于中国木薯种质资源的群体分化指数。各木薯材料间的遗传距离变幅为0.084~0.297, 平均遗传距离为0.228。本研究结果可为后续关联分析发掘优良等位基因及引种提供依据。