利用GBS技术开发烟草SNP标记及遗传多样性分析

• 作者: 李廷轩 杨欢 王勇 蔡露 陈光登
• 来源期刊: 中国烟草科学
• 关键词: 烟草 GBS SNP 遗传多样性 遗传结构
• 年，卷（期）: 2018,（5）
• 所属期刊栏目: 遗传育种
• 页码范围: 17-24
• 页数: 8页
• 分类号: S572.03
• 语种: 中文
• DOI: 10.13496/j.issn.1007-5119.2018.05.003

摘要

研究烟草种质资源的遗传背景,为烟草种质资源的高效利用提供依据.采用GBS(genotyping-by-sequencing)技术,挖掘92份烟草种质资源的SNP位点,并进行遗传多样性和遗传结构分析.结果表明,测序共获得了147.165 Gb数据,平均每个样本1.599 Gb,筛选后共获得93 685个高质量的SNP位点;不同地理来源烟草群体等位基因数(Na)为1.27～1.93,观测杂合度(Ho)变化范围为0.22～0.76,期望杂合度(He)为0.32～0.59,多态性位点数(PLN)范围为15 877～44 249,多态性位点比率(PPL)为26.61％～74.17％,遗传多样性指数(H)为0.19～0.52,遗传距离(GD)为-0.0148～0.3849.基于遗传距离的NJ聚类将材料划分为两个类群;群体遗传结构分析表明,本研究所用材料基于模型可划分为4个亚群.通过GBS技术得到的测序数据量较大且质量较高,群体多态性较高,整体遗传多样性偏低,群体结构划分与种质来源不完全相关.

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	李廷轩	四川农业大学资源学院	256	5979	41.0	63.0
2	陈光登	四川农业大学资源学院	18	208	10.0	14.0
3	蔡露	四川农业大学资源学院	2	7	1.0	2.0