基于RAD重测序技术开发烟草品种SNP位点

• 作者: 任民 刘旦 杨爱国 程立锐 蒋彩虹
• 来源期刊: 中国烟草科学
• 关键词: 烟草 限制性内切酶位点标签 重测序 单核苷酸多态性
• 年，卷（期）: 2018,（3）
• 所属期刊栏目: 遗传育种
• 页码范围: 10-17
• 页数: 8页
• 分类号: S572.03
• 语种: 中文
• DOI: 10.13496/j.issn.1007-5119.2018.03.002

摘要

利用限制性内切酶位点标签(RAD)技术,通过对10份供试烟草材料的基因组简化重测序,发掘了烟草高通量SNP位点,为烟草基因组学提供标记信息.结果表明,本研究共获得了44.33 Gb的Clean data数据,平均覆盖度1.01 X,共鉴定到291 770个SNP位点,SNP位点间的平均间距为10.066±29.801 kb.发掘到的SNP位点能够覆盖整个基因组,但在不同染色体部位上的分布密度存在一定差异,在17号染色上半臂的存在一段大范围的SNP密集区域.SNP变异类型以转换为主,通过功能注释在基因区域发现45 049处SNP位点.利用SNP分型信息,计算了供试品种间的遗传距离,平均为0.29,台烟8号的遗传背景与其他品种相对最远.该结果将为烟草QTL定位、候选基因发掘、亲本组配等研究提供科研依据.

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	杨爱国	中国农业科学院烟草研究所	19	284	8.0	16.0
2	任民	中国农业科学院烟草研究所	16	216	9.0	14.0
3	程立锐	中国农业科学院烟草研究所	9	56	5.0	7.0
4	刘旦	中国农业科学院烟草研究所	7	37	3.0	6.0
5	蒋彩虹	中国农业科学院烟草研究所	12	271	6.0	12.0