基于全基因组重测序技术的‘红叶’杜仲SNP位点开发

• 作者: 朱景乐 杜庆鑫 杜红岩 杨绍彬 杨赟 陈梦娇
• 来源期刊: 植物研究
• 学科: 农学
• 关键词: ‘红叶’杜仲 全基因组重测序 花色苷 SNP
• 年，卷（期）: 2019,（6）
• 所属期刊栏目: 研究报告
• 页码范围: 947-954
• 页数: 8页
• 分类号: S687.9
• 字数: 5375字
• 语种: 中文
• DOI: 10.7525/j.issn.1673-5102.2019.06.018

摘要

为了挖掘与‘红叶’杜仲(Eucommia ulmoides‘Hongye’)红叶性状紧密联系的SNP位点,进一步揭示红叶性状的遗传基础和分子机理.以‘红叶’杜仲和普通绿叶杜仲‘小叶’杜仲(Eucommia ulmoides‘Xiaoye’)为研究材料,进行覆盖深度约为10x的全基因组重测序.使用SnpEff软件预测变异位点对蛋白编码的影响,结合花色苷的代谢通路和关键酶基因,筛选与‘红叶’杜仲叶色形成相关的差异位点.利用Sanger测序二代测序筛选的SNP位点,分子标记验证群体是‘红叶’杜仲和‘小叶’杜仲.结果 表明,‘红叶’杜仲测序产生Clean data为14.16 Gb,‘小叶’杜仲产生Clean data为14.29Gb.在‘红叶’杜仲中注释到严重影响蛋白质功能的有1 516个SNP,中度影响的41 328个SNP,在‘小叶’杜仲中存在严重影响蛋白质功能的SNP为1 640个,中度影响功能的SNP为47 192个.测得26 722条基因中有228条基因是与花色苷或类黄酮合成相关的酶基因.经过筛选,确定了12个特异性的SNP位点,均属于外显子区域的错义突变.利用一代测序验证,根据SNP位置设计了7对引物,SNP准确率达到100％.