上饶早梨'六月雪'和'黄皮消'全基因组重测序分析

• 作者: 徐迎昕 曾清华 洪森荣 谭鑫 邱梦琴 郑亚娇 陈永华
• 来源期刊: 浙江农林大学学报
• 关键词: 园艺学 上饶早梨 '六月雪' '黄皮消' 全基因组重测序分析
• 年，卷（期）: 2019,（2）
• 页码范围: 227-235
• 页数: 9页
• 分类号: S661.2
• 语种: 中文
• DOI: 10.11833/j.issn.2095-0756.2019.02.003

摘要

以上饶早梨Pyrus pyrifolia 2个品种'六月雪'Liuyuexue'和'黄皮消'Huangpixiao'试管苗为材料,进行全基因组重测序分析.结果表明:2个样本的总单核苷酸多态位点(SNP)数量分别为6171357和6140603个,编码区内无义突变位点(nsSNP)分别为335659和332280个.对nsSNP的常见变异(common variant,CV)分析发现,共有2282个nsSNP关联了2067个基因.2个样本的总插入缺失位点(INDEL)分别为800388和799603个,其中15509和15274个位于编码区,共5115个差异INDEL关联到了3682个基因,烟草花叶病毒(tobacco mosaic virus)耐药蛋白N,抗病蛋白等关键基因发生变异.差异nsSNP和差异INDEL富集得到的基因本体术语(GO terms)一致.本实验结果可为上饶早梨2个品种'六月雪'和'黄皮消'SNP和INDEL相关标记的开发、 优异基因的挖掘提供参考.

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	洪森荣	上饶师范学院生命科学学院	118	484	12.0	16.0
2	曾清华	上饶师范学院生命科学学院	2	0	0.0	0.0
3	谭鑫	上饶师范学院生命科学学院	2	0	0.0	0.0
4	陈永华	上饶师范学院生命科学学院	1	0	0.0	0.0
5	郑亚娇	上饶师范学院生命科学学院	2	0	0.0	0.0
6	徐迎昕	上饶师范学院生命科学学院	2	0	0.0	0.0
7	邱梦琴	上饶师范学院生命科学学院	2	0	0.0	0.0