适于海岛棉指纹图谱构建的SNP核心位点筛选与评价

• 作者: 李乐晨 朱国忠 苏秀娟 郭旺珍
• 来源期刊: 作物学报
• 关键词: 基因芯片 DNA指纹图谱 SNP 海岛棉
• 年，卷（期）: 2021,（5）
• 所属期刊栏目: 作物遗传育种·种质资源·分子遗传学
• 页码范围: 647-655
• 页数: 8页
• 语种: 中文
• DOI: 10.3724/SP.J.1006.2019.84123

摘要

海岛棉具有纤维品质好、抗病性强等优异性状，不仅为纺织工业提供优质棉纤维原料，也是陆地棉相关性状改良的重要供体材料。然而，与陆地棉相比，开展海岛棉的遗传多样性和基因分型研究相对较少。本研究基于CottonSNP80K芯片对282份不同来源的海岛棉品种/材料进行基因组SNP分型研究，以选择高效鉴别海岛棉材料的核心位点组合。按照检出率大于95%、具多态性、最小等位频率(MAF)大于0.01、杂合率小于0.05、无冗余位点等条件筛选，获得2594个高质量SNP位点。对上述位点设置不同数目梯度筛选，确定最优核心位点数。随着位点个数的增多，位点组合对海岛棉材料的识别率逐渐增加。当位点数为200时，识别率为89%;位点数提高到1500时，识别率可达99%。进一步增加位点数，识别率无显著变化。利用中选的1500个SNP位点检测供试材料，其平均MAF值0.14，平均杂合率0.007，平均多态信息含量0.21。SNP位点的聚丙烯凝胶电泳验证表明，SNP-PCR与芯片分型结果一致性达98.3%。本研究提供了适于海岛棉指纹图谱构建、含1500位点的一套核心SNP位点组合，可用于海岛棉遗传多样性分析和品种身份鉴定。