基于SNP芯片的云南玉米自交系遗传多样性和群体遗传结构分析

• 作者: 康祝科 张建华 张鹏 杨晓洪 管俊娇 黄清梅
• 来源期刊: 南方农业学报
• 关键词: 玉米 SNP芯片 群体遗传结构 遗传多样性 主成分分析
• 年，卷（期）: 2020,（9）
• 所属期刊栏目: 作物遗传育种·种质资源·分子生物学
• 页码范围: 2082-2089
• 页数: 8页
• 分类号: S513.024
• 语种: 中文
• DOI: 10.3969/j.issn.2095-1191.2020.09.004

摘要

[目的]对107个云南玉米自交系进行遗传多样性和群体遗传结构分析,为云南省玉米种质创新、遗传改良、品种管理等提供理论依据,也为今后深入挖掘优良性状相关基因打下基础.[方法]以云南当地推广的107个优良玉米自交系为供试材料,以45个我国常用玉米骨干自交系作为杂种优势群划分的参照,在Axiom?Maize56K SNP Array平台上利用玉米SNP芯片(56K)进行玉米全基因组扫描,并使用Treebest的NJ-tree模型构建系统发育进化树,利用GCTA(全基因组复杂性状分析)工具进行主成分分析,揭示其遗传多样性与群体遗传结构.[结果]从107个云南玉米自交系中检出5533个均匀分布的高质量SNP分子标记位点.基于这些SNP分子标记位点分析结果可知,107个云南玉米自交系的Nei's基因多样性指数(H)为0.2981～0.5000,平均为0.4832;多态信息含量(PIC)为0.2536～0.3750,平均为0.3662;最小等位基因频率为0.5000～0.8178,平均为0.5744.群体遗传结构分析结果显示,K=6时△K最大即供试自交系可划分为六大类群,分别为塘四平头血缘类群、PB血缘类群、335母本血缘类群、自330和旅大红骨血缘类群及2个未知类群,无自交系划分到其他杂交优势群,其中,2个未知类群共37个云南玉米自交系,未能与我国目前已知的10个杂种优势群归在一类.主成分分析结果显示,107个云南玉米自交系与45个我国常用玉米骨干自交系能明显区分,大部分云南玉米自交系集中在我国常用玉米骨干自交系附近,但少数云南玉米自交系与我国常用玉米骨干自交系距离较远.[结论]云南地区玉米种质资源遗传多样性较丰富,含有多个杂种优势群,育种亲本遗传基础丰富,与我国常用玉米骨干自交系能明显区分,且部分与骨干自交系遗传距离较远,可创建新的杂交优势群,具有良好的应用潜力.

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	张建华		19	240	9.0	15.0
2	杨晓洪		20	223	9.0	14.0
3	张鹏		7	16	2.0	3.0
4	管俊娇		8	24	3.0	4.0
5	黄清梅		11	39	4.0	6.0
6	康祝科		1	0	0.0	0.0