浙江省3个地方猪种繁殖性状的全基因组关联分析

• 作者: 徐宁迎 郭晓令 阮鹏 黄敏婕
• 来源期刊: 中国畜牧杂志
• 学科: 农学
• 关键词: 繁殖性状 GWAS META分析 FDR校正 Bonferroni校正 候选基因
• 年，卷（期）: 2018,（7）
• 所属期刊栏目: 遗传育种
• 页码范围: 35-40
• 页数: 6页
• 分类号: S828.2
• 字数: 4194字
• 语种: 中文
• DOI: 10.19556/j.0258-7033.2018-07-035

摘要

本研究使用全基因组关联分析(GWAS)技术对嵊县花猪(SXHZ)、金华猪(JHZ)和淳安花猪(CAHZ)繁殖性状关联性强的SNP位点进行定位,寻找可能影响这些性状的基因.采集SXHZ 114头、JHZ 185头和CAHZ 31头血样制成干血斑样本,提取DNA将质检合格的样品用Illumina平台的GGP Porcine50K SNP芯片作基因型判定.繁殖性状数据来自各取样猪场.对SNP标记和样本进行质控,筛选合适数据作GWAS分析,定位出显著位点,在Ensembl和NCBI上寻找候选基因.结果表明:SXHZ独立GWAS有160个SNPs呈FDR校正水平显著;JHZ独立GWAS有124个SNPs呈FDR校正水平显著;经过META分析得到337个SNPs呈FDR校正水平显著,16个SNPs呈Bonferroni校正染色体水平显著;CAHZ的独立GWAS由于样本量小,初步分析的结果可靠性不高.初步筛选出SXHZ的候选基因为SEMA4D、EYA4、ZC3H 12D、BANP、DIP2B和TUSC3;JHZ的候选基因为SPINK14、GRIP1和PPP3CA;META分析得出候选基因PA CSIN2、ATP8A2、ZNF32、CTNNA2和FAT1,为进一步筛选繁殖性状的主效基因提供基础和参考.

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	徐宁迎	浙江大学动物科学学院	147	1170	18.0	27.0
2	郭晓令	浙江大学动物科学学院	36	267	9.0	15.0
3	阮鹏	浙江大学动物科学学院	2	0	0.0	0.0
4	黄敏婕	浙江大学动物科学学院	4	2	1.0	1.0