轮状病毒非结构蛋白NSP1与干扰素调节因子结合结构域的分析

• 作者: 于梅 李佳林 李宏斌 林杰 窦强 贺倩 邢家强 魏至栋
• 来源期刊: 微生物学免疫学进展
• 学科: 医学
• 关键词: NSP1 干扰素调控因子家族(IRFs) 三维结构 同源模建 分子对接
• 年，卷（期）: 2016,（3）
• 所属期刊栏目: 论著
• 页码范围: 23-28
• 页数: 6页
• 分类号: R373.2
• 字数: 3336字
• 语种: 中文
• DOI: 10.13309/j.cnki.pmi.2016.03.005

摘要

目的：同源模建轮状病毒NSP1 C末端效应区及干扰素调节因子IRF3、IRF5、IRF7结合结构域( IAD)的三维结构,应用分子对接的方法,预测NSP1与IRF的候选结合氨基酸残基。方法以ProtScale进行疏水性分析,APBS进行表观静电势的分析,采用MODELLER程序进行三维结构的预测,对NSP1 C末端效应区和IRF3、IRF5、IRF7的IAD应用PLATINUM程序进行分子对接,寻找它们的结合位点。结果 NSP1与IRF3、IRF5、IRF7的作用表现为2个不同类型,其中NSP1与IRF3的作用位点集中在效应区LEU 3~ARG 67一个较大范围内；作用方式呈现多样性(疏水作用、芳香共轭作用以及氢键作用)；NSP1与IRF5、IRF7的作用位点集中在效应区SER74~GLU87一个较小的范围内,作用方式也表现为单一的氢键作用。结论应用计算机模拟技术预测了NSP1和IRF3、IRF5、IRF7的作用方式及结合位点,为进一步研究NSP1对IRF的作用提供一些新的思路。