濒危药用植物新疆阿魏cDNA文库构建与微卫星标记

• 作者: 季爱加 宋骏 李晓瑾 樊丛照 王果平 罗红梅
• 来源期刊: 世界科学技术-中医药现代化
• 学科: 医学
• 关键词: 新疆阿魏 EST-SSRs 高通量测序 分子标记
• 年，卷（期）: 2016,（2）
• 所属期刊栏目: 专题讨论:DNA条形码技术在中药材及其种源鉴定中的应用
• 页码范围: 209-213
• 页数: 5页
• 分类号: R282.2
• 字数: 2776字
• 语种: 中文
• DOI: 10.11842/wst.2016.02.011

摘要

目的:测试和分析新疆阿魏转录组,挖掘基因表达谱多态性标记(EST-SSRs),为新疆阿魏属植物遗传多样性、生物学特性、功能基因鉴定和濒危机制的研究奠定基础.方法:提取新疆阿魏茎叶总RNA,反转录合成cDNA,应用454 GS FLX Titanium进行测序,并对其序列进行拼接,获得一致性序列(UniqueSequences);使用Simple Sequence Repeat Identification Tool (Perl Script)对一致性序列进行分析,检索SSRs模体,采用Primer 5及SSR Hunter软件设计引物并进行PCR扩增.结果:高通量测序获得新疆阿魏ESTs序列550 200条,经拼接得到60 248条Unique Sequences,从中发现1916个EST-SSRs,平均每100kb出现3.18个SSR,其中二核苷酸最多,GA重复最常见,随机挑选5条序列扩增及测序结果表明,80％的SSR位点与Sanger测序结果一致.结论:通过转录组测序首次获得新疆阿魏EST-SSRs,为新疆阿魏生物学特性及濒危机制研究奠定了基础.

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	李晓瑾		44	217	8.0	12.0
2	樊丛照		16	79	5.0	8.0
3	罗红梅	中国医学科学院中国协和医科大学药用植物研究所	11	164	3.0	11.0
4	王果平		14	84	5.0	9.0
5	宋骏		2	1	1.0	1.0
6	季爱加	中国医学科学院中国协和医科大学药用植物研究所	2	15	1.0	2.0