利用深度测序技术鉴定疑似桑花叶卷叶病感病桑树叶片中的相关病毒

• 作者: 周湘 朱诚棋 苏秀 陈莎 马良进
• 来源期刊: 蚕业科学
• 学科: 农学
• 关键词: 桑花叶卷叶病相关病毒 深度测序 小干扰RNA 生物信息学分析
• 年，卷（期）: 2016,（4）
• 所属期刊栏目: 研究报告
• 页码范围: 576-582
• 页数: 7页
• 分类号: S888.71+1
• 语种: 中文
• DOI: 10.13441/j.cnki.cykx.2016.04.003

摘要

植物通过小干扰RNA(siRNA)介导的RNA干扰机制来防御外来病毒感染,通过对感病植物材料小RNA(sRNA)的深度测序,获得这一过程中产生的与病毒序列高度一致的siRNA序列信息,可以快速地鉴定侵染植物的病毒组成.以采集自浙江省桐乡市桑园疑似感染桑花叶卷叶病(原称桑花叶型萎缩病)的桑树叶片为材料提取总RNA,构建sRNA文库并进行深度测序,对测序得到的总sRNA进行组装后,比对鉴定出桑花叶卷叶病相关病毒(mulberry mosaic leaf roll-associated virus,MMLRaV),并分别得到占MMLRaV 2个组分全基因组14.19％和21.86％的核酸序列.进一步以感病桑叶组织的总RNA为模板,通过RT-PCR扩增获得部分MMLRaV基因组序列,经Sanger测序确定采集的感病桑树叶片中只存在MMLRaV.通过生物信息学方法分析表明,MMLRaV来源siRNA在基因组中的长度分布、5'端碱基偏好性及热点区分布等具有明显特点.研究结果显示,利用siRNA深度测序技术鉴定桑树病毒是非常高效的手段.