大菱鲆生长性状相关单核苷酸多态位点的多家系验证

• 作者: 吕丁 李之乡 王伟继 王陌桑 田涛 胡玉龙 陈再忠
• 来源期刊: 中国海洋大学学报（自然科学版）
• 学科: 农学
• 关键词: 大菱鲆 生长性状 单核苷酸多态性(SNP) 关联分析
• 年，卷（期）: 2016,（12）
• 所属期刊栏目: 研究论文
• 页码范围: 32-40
• 页数: 9页
• 分类号: Q754|S917.4
• 字数: 6412字
• 语种: 中文
• DOI: 10.16441/j.cnki.hdxb.20160055

摘要

为在多家系群体中进一步验证与大菱鲆生长性状紧密关联的SNP位点,本研究以QTL定位作图筛选获得的100个与大菱鲆(Scophthalmus naximusL.)生长性状相关的候选单核苷酸多态(SNP)位点为基础,利用飞行质谱法,在4个大菱鲆家系群体中进行基因分型,并与体重、体长2个生长性状数据进行关联分析.对关联显著的位点,统计位点在家系群体中的多态性,并进行连锁不平衡分析和单倍型分析;根据显著位点所在基因序列信息,在NCBI数据库中进行比对分析,对匹配到的基因功能进行初步探讨.关联分析发现,有9个SNP位点与生长性状关联显著(P＜0.05).9个位点中,4个位点与体重关联显著(P＜0.05),7个位点与体长关联显著(P＜0.05),其中,SNP51和SNP111与体重和体长2个性状均关联显著(P＜0.05).SNP位点的多态性分析发现,观测杂合度在0.126～0.719之间(平均为0.387),期望杂合度在0.118～0.501之间(平均为0.338);9个位点的平均多态信息含量为0.267,属于中度多态性位点;哈迪温伯格平衡检验结果显示,9个位点中有5个位点偏离平衡.连锁不平衡和单倍型分析发现,标记间存在显著的连锁不平衡;单倍型CTTGT和CTTGA是2个主要的单倍型,单倍型频率分别为26.8％和25.9％.根据关联显著SNP位点所在的序列信息,在NCBI数据库比对分析后发现,COL11A1和Notch1基因可能是与大菱鲆生长性状相关的重要功能基因.本研究结果将推进大菱鲆生长相关分子标记的研究,为下一步基因定位和分子标记辅助育种提供更多的标记基础.