基于RNA测序研究过表达AJUBA对T47D基因表达谱的影响

• 作者: 侯照远 倪培华 徐北惠 徐洪 李琪 王家敏 邹秀群
• 来源期刊: 检验医学
• 学科: 医学
• 关键词: AJUBA 乳腺癌 高通量RNA测序 差异表达基因 生物信息学分析
• 年，卷（期）: 2016,（6）
• 所属期刊栏目: 基础研究·论著
• 页码范围: 527-532
• 页数: 6页
• 分类号: R446.1
• 字数: 4726字
• 语种: 中文
• DOI: 10.3969/j.issn.1673-8640.2016.06.018

摘要

目的 探究AJUBA基因对于雌激素受体阳性乳腺癌细胞T47D基因表达的影响.方法 构建AJUBA 稳定过表达的T47D细胞系.载体对照组和实验组分别提取RNA进行转录组测序技术(RNA-seq)测序,将所得序列映射到人类基因组并进行转录组重建,样本标准化后寻找实验组和对照组之间的差异基因,利用生物信息学方法进一步对所得的差异基因进行基因本体论(GO)分析和京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路富集性分析,同时挑选部分基因用实时荧光定量聚合酶链反应(RT-qPCR)进行基因表达验证.结果 实验组与对照组细胞相比共找到568个差异基因,其中上调基因239个,下调基因329个.GO分析中,注释到分子功能、生物学过程和细胞组成的上调差异基因分别有3、23、8个;下调差异基因分别有21、35、9个.KEGG分析中上调基因显著富集通路有2个,下调基因显著富集通路有4个.结论 AJUBA过表达可以影响T47D细胞的一系列生物学过程相关的多条信号通路,可能在乳腺癌发生、发展中起重要作用.

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	李琪	上海交通大学医学院生物化学与分子细胞生物学系	13	251	7.0	13.0
2	徐洪	上海交通大学医学院生物化学与分子细胞生物学系	21	39	4.0	4.0
3	徐北惠	上海交通大学医学院附属瑞金医院检验系	4	1	1.0	1.0
4	邹秀群	上海交通大学医学院生物化学与分子细胞生物学系	2	0	0.0	0.0
5	侯照远	上海交通大学医学院生物化学与分子细胞生物学系	4	0	0.0	0.0
6	王家敏	上海交通大学医学院生物化学与分子细胞生物学系	7	12	2.0	3.0