高通量全基因组测序法对尿道致病性大肠埃希菌NB8株毒力因子数据的初步分析

• 作者: 朱健铭 王春新 糜祖煌 翁幸鐾
• 来源期刊: 温州医科大学学报
• 学科: 医学
• 关键词: 大肠埃希菌 全基因组 多药耐药 尿道致病性 毒力因子
• 年，卷（期）: 2016,（11）
• 页码范围: 798-806
• 页数: 9页
• 分类号: R378.2
• 字数: 4088字
• 语种: 中文
• DOI: 10.3969/j.issn.2095-9400.2016.11.004

摘要

目的：调查1株尿道致病性大肠埃希菌（UPEC）NB8株携带的毒力因子和可能存在的致病机制。方法：UPEC NB8株分离自2012年4月宁波市第一医院住院患者尿液标本，做16SrDNA和gyrA基因测序BLASTn比对确认为UPEC，用Illumina HiSeq与Ion Torrent PGM这2种大规模并行测序仪进行全基因组分析，再进行人工测序补缺口。再对NB8株做毒力因子数据挖掘和分析，最后把NB8株和9株全基因组测序的UPEC的毒力因子做比较基因组学研究。结果：UPEC NB8株全基因组测序得到一条推定的染色体序列，长4550369 bp（内含14个缺口）。推定的质粒序列，长635377 bp（内含33个缺口）。NB8株全基因组中挖掘出黏附（黏附素、P菌毛、1型菌毛、大肠埃希菌共同菌毛）、铁摄取系统（产气菌素、血红素摄取、肠杆菌素）、蛋白酶（分泌自转运毒素）、毒素（溶血素）、抗原43、SHI-2毒力岛等多种毒力因子。结论：UPEC NB8株中检出的多种毒力因子可能会在细菌黏附、侵袭、溶细胞活性、细胞毒性等方面起着重要作用，并能增强细菌的生存能力和致病力，导致宿主的泌尿道感染。全基因组测序技术具有超高速、高通量、低成本和高效益的优势，值得推广。

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	糜祖煌	无锡市克隆遗传技术研究所生物信息学室	235	3592	33.0	49.0
2	朱健铭	杭州市余杭区中医院检验科	75	570	14.0	18.0
3	王春新	南京医科大学附属无锡人民医院检验科	50	390	11.0	18.0
4	翁幸鐾	宁波市第一医院检验科	74	555	11.0	20.0